公元2199年，历经千难万险的宇宙战舰大和号终于凭借次元波动引擎抵达伊斯坎达尔星。几经修整，人类决定启程离开大麦哲伦银河，谁知却在大麦哲伦的外缘遭遇一支神秘机动部队的刁难。对方正是来自白色彗星帝国、以蛮横勇猛著称的战斗民族加特兰蒂斯。该部队的指挥官是帝国远征军大都督，人称“雷鸣”的哥兰·达卡姆（大友龙三郎 配音）。哥兰蛮横无理地要求地球人交出军舰，在遭到拒绝后，他突然祭出最新式的武器——火焰直击炮。千钧一发之际，大和号躲开了火焰直击炮的攻击，却不小心进入了一个灰蒙蒙的神秘空间。军舰仿佛有了自己的意识，自顾自朝着未知的星球行进。为了尽快找到回去的方法，古代进（小野大辅 配音）、桐生美影（中村绘里子 配音）、泽村、新见、相原等五人奉命登陆该星球搜集信息。在那里他们意外发现了本不该存在的军舰以及在七色星团战役中落败的加米拉斯士兵，而对方已困在这里很长的时间。未过多久，加特兰蒂斯的部队尾随而至，哥兰惊讶地发现这正是他们一直苦苦寻求的宝藏之星……