日本的某处、被美丽的大自然所包围的山间小镇上，设立着一所自然而亲切的巨大绚烂豪华学校，私立乙桥学校。通过学园中平凡的少女来栖川姬子为中心，故事开始了。名门的大小姐，文武双全、才色兼备，没有恶习的性格……学院的偶像，姬宫千歌音，以及姬子的青梅竹马，有点没用但却很诚实的大神相马。被两位伙伴包围着，明亮而快乐的学员生活。姬子16岁的生日来临了，三人的命运也开始了变化。远古之神大蛇企图灭世，因而产生了两位救世巫女。两位巫女经由不停的轮回转世，相遇后以两人之力封印住大蛇。而原本只是普通高中生、却是“日之巫女”的转世来栖川姬子以及“月之巫女”的转世姬宫千歌音，为了再次封印大蛇，不得不想办法召唤传说中的剑神天丛云。大蛇的八个仆人们（人性的八个黑暗面）为阻止两人召唤天丛云，而屡次对她们发动袭击；这时，原本应该是大蛇之一顺序七的大神相马因为暗恋姬子已久，而背叛了大蛇的意志，而屡次地拯救她们，但却又引发了另一场风波。不停轮回的两人，无法分离的命运，这是身为“神无月之巫女”的命运。